Die römisch-katholische Kirche lebt in Lübeck in neun Kirchen in den verschiedenen Stadtteilen, in denen sich die Gläubigen sonntags zur Hl. Messe versammeln, und in verschiedenen kirchlichen Einrichtungen und Verbänden. Zusammen mit den Gemeinden in Bad Schwartau und Timmendorfer Strand bilden diese Gemeinden vor Ort und die kirchlichen Einrichtungen und Verbände die Pfarrei Zu den Lübecker Märtyrern, die zum Erzbistum Hamburg gehört. Von großer Bedeutung für die Lübecker Katholiken ist das ökumenische Gedenken der Lübecker Märtyrer: die katholischen Kapläne Johannes Prassek, Eduard Müller, Hermann Lange und der evangelische Pastor Karl Friedrich Stellbrink, die am 10. November 1943 von den Nationalsozialisten hingerichtet worden sind. An sie erinnert die Krypta der Herz-Jesu-Kirche. Sie wurde 1955 in dem ehemaligen Kohlenkeller unter dem Altarraum der Kirche eingerichtet, den Jugendliche 1940 zu einem Versammlungsraum hergerichtet hatten und den die Kapläne für Religionsstunden und Gesprächskreise genutzt hatten.

Geschichte bis zur Reformation

Seit der ersten Gründung Lübecks durch Adolf von Schaumburg 1143 gibt es Christinnen und Christen in Lübeck. Heinrich der Löwe sorgte dafür, dass der Bischofssitz von Oldenburg/H. nach Lübeck verlegt und der Dom gebaut wurde. Mit dem Aufstieg der Hansestadt Lübeck wuchs auch das christliche Glaubensleben in Lübeck. Die großen Kirchen entstanden und verschiedene Orden gründeten Klöster in der Stadt, deren Gebäude zum Teil heute noch bestehen.
Im Jahr 1530 wurde die Reformation in Lübeck eingeführt. Die Kirchen wurden evangelisch und die Klöster aufgehoben. Diejenigen Lübecker Christen, die katholisch bleiben wollten, durften sich noch einige Zeit im Ostchor des Domes zum Gottesdienst versammeln. Danach wurden öffentliche katholische Gottesdienste verboten. Lediglich in den Gebäuden der katholisch gebliebenen Domherren war es erlaubt, eine katholische Messe zu feiern. Eine kleine Gemeinde blieb auf Dauer katholisch, so dass die katholische Kirche in Lübeck eine ungebrochene Tradition hat.
 

Geschichte nach der Reformation

Im Zuge der wirtschaftlichen Entwicklung und des Wachstums der Hansestadt Lübeck kamen im Laufe der Zeit wieder mehr Katholiken nach Lübeck. In der Mitte des 18. Jahrhunderts mietete die katholische Gemeinde vom Domkapitel eine Vikarien-Kurie in der Kapitelstraße 7. Dort wurden die Kapelle, eine kleine Schule und einige Wohnungen für die Geistlichen eingerichtet. Bis 1873 wurde in diesem Gebäude die Heilige Messe gefeiert, ab 1805 ohne Beschränkungen. Es wurde eine katholische Schule gegründet, die von den Nationalsozialisten 1938 geschlossen wurde. Das Marienkrankenhaus begann 1888 mit seiner Arbeit.
Der Kirchenvorstand erwarb eine ehemalige Domherrenkurie, nahe dem Lübecker Dom. Dort wurde am 3. August 1888 der Grundstein zu der drei Jahre später vollendeten neugotischen Herz-Jesu-Kirche gelegt. Zur Ehre der in der Herz-Jesu-Gemeinde tätigen Märtyrer erhielt sie 1958 den Rang einer Propsteikirche und der Pfarrer den Titel Propst.

Die Zahl der Katholiken in Lübeck wuchs, so dass 1910 in Kücknitz die St. Joseph-Kirche gebaut wurde. Nach dem  2. Weltkrieg kamen viele katholische Flüchtlinge nach Lübeck. Es wurden weitere katholische Gemeinden gegründet. Verschiedene katholische Einrichtungen nahmen ihre Arbeit auf, so dass heute vier katholischen Kindertagesstätten und zwei Familienzentren, zwei Altenheime, der Caritas-Verband, der Malteser Hilfsdienst und IN VIA, die Johannes-Prassek-Schule und das Marienkrankenhaus für alle Lübecker Bürgerinnen und Bürger da sind.

Weitere Katholiken kamen und kommen aus Westfalen oder Süddeutschland oder als Gastarbeiter, Spätaussiedler, Asylbewerber und Arbeitsmigranten aus der ganzen Welt nach Lübeck. Ein Pfarrer hat mal dazu gesagt: „Wir haben alle eine verschiedene Herkunft, aber wir haben eine gemeinsame Zukunft als katholische Kirche in Lübeck.“

Die gesellschaftlichen und die innerkirchlichen Entwicklungen bewirken, dass sich die katholische Kirche in Deutschland neu aufstellen muss. Auch in der katholischen Kirche in Lübeck hat dementsprechend im Jahr 2013 unter dem Titel „Pastoraler Raum Lübeck“ ein mehrjähriger Prozess zur pastoralen und strukturellen Erneuerung des Dekanats Lübeck begonnen. Dieser Prozess mündete am 25. Juni 2017 in die Gründung der Pfarrei Zu den Lübecker Märtyrern, die das gesamte Lübecker Stadtgebiet als auch anliegende Gemeinden wie Stockelsdorf, Bad Schwartau, Timmendorfer Strand und Krummesse umfasst und die bisherigen Pfarreien ersetzt. Die Basis dieser Pfarrei bilden neun Gemeinden vor Ort und die “Orte kirchlichen Lebens” (z.B. die katholische Johannes-Prassek-Schule, die katholischen Pflegeheime, die fremdsprachigen Missionsgemeinden und die katholischen Verbände wie Kolping oder DPSG-Pfadfinder).